矢倉舜は西ノ杜高校に通う一年生。ネット上では凄腕のハッカーとしての顔を持つものの、普段は正義感の人一倍強い、心優しい少年だ。
しかし、侵入した企業のサーバ上で謎のデータを見つけてしまったのを皮切りに運命の歯車が回りはじめ、いつしか「神種」を巡る暗闘の中に呑み込まれていく。
頻発する連続通り魔殺人事件、幼き日に出会った少年少女との再会。願いをかなえる「神種」とは、いったい何なのか。人類に何をもたらすのか。誰も失わないために、誰も悲しませないために、少年の戦いが始まる。

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