この世を悪で支配する「冥き者達」と戦う「輝ける者達」として覚醒した来人は、祖父母の居る九州へと向かった。それは、冥き者達が何事かを九州でたくらんでいるようだと、父から連絡があったからだった。果たして九州の地には彼らの狙う何があるのか!?

「輝ける者達」として、覚醒した天堂来人は、父の手紙によって九州で「冥き者達」が何事かをたくらんでいる事を知る。
九州は天孫降臨伝説も残る、日本の起源にまつわる話の多い土地だ。「冥き者達」を統べる神代一族の龍や鳳も九州へと向かったと知り、その陰謀を阻止すべく同じく「輝ける者達」として覚醒したななみや純一らとともに祖父母の住まう九州へと向かうことにする。
そして来人達は、鳳達が二振りの霊剣を入手すべく、九州入りしたことを知るのだった。
霊剣の持つ力とは、そして「輝ける者達」と「冥き者達」の運命は……!?