ある日であった美しい少女は、同級生でもあり、アイドル歌手の卵でもあった。

藍羽真珠。

それが彼女の名前。

だが幕張メッセのイベントで彼女が歌ったとほぼ同時刻、 房総半島・野島崎沖で光る竜巻が発生、そこから黒い巨大なメカが現れた！

――僕は何かが足りない

弓削稜が抱えるぼんやりとした焦燥。《思春期特有の》と、片づけるには異質な何かが含まれている日々。

そして彼はＪ―ＰＯＰフェスタのきらびやかなステージで歌う少女藍羽真珠と出会う。

あまりにも美しい歌声。

それは稜のちっぽけな焦燥すら、払拭してしまうほどの……。

だが巨大な《黒い悪魔》がステージを切り裂いたのは、まさにその瞬間だった！

稜が持つ蒼い螺旋。

真珠が持つ紅い螺旋。

異世界から現れた黒い巨大な影！

そのすべてが一つに交わるとき、航次元守護騎（イグドラジル）が真の力とともに現代に甦る！