TVアニメ「創聖のアクエリオン」が、新たに河森監督自らのアイデアを得て、コミック版として蘇る！ 第１巻で登場した新たな因子が、コミック版オリジナル展開のカギとなる――！

一万二千年前の大戦で封印された人類の天敵「堕天翅(だてんし)」が再び復活した！ 機械天翅”アクエリオン”で敵”ケルビム兵”を月まで貫いたアポロ達。しかし、その衝撃で予想外のエネルギーフィールドが発生、漆黒のベクターマシンと謎の美少女”ニース”が出現した。ニースの登場が、新たな展開を引き起こす――!?