全人類に対して衝撃的な宣戦布告を行ったマスター・エグゼリオ。
それは、これまでのエクスターたちの献身も、融和に向けての改造人間たちの努力も、そのすべてをあざ笑うがごとき行動だった。
一方、いまやマスター・エグゼリオの牙城となった空中要塞《エレボス》に、姉とともに自ら赴いた由良は、そこで囚われの身となった十季子と再会する。それぞれの気持ちをお互いが初めて露わにする中、一哉自身もまた要塞へと向かっていた。
三人のロストナンバーズを従え、恐るべき力を手に入れたマスター・エグゼリオに、一哉たちは最後の戦いを挑む！ 全ての大切なものを守るために！